En busca de la cepa británica: Canarias secuenciará cerca de 1.000 muestras a la semana para conocer su incidencia

Canarias podrá secuenciar “en breve” entre 800 y 900 muestras de genoma a la semana en busca de la variante británica o de otras cepas del SARS CoV-2, el virus causante de la enfermedad COVID-19. Así lo asegura Óscar Díez, jefe de Microbiología del Hospital Universitario Nuestra Señora de Candelaria, el servicio que, en trabajo conjunto con el área de Genómica del Instituto Tecnológico y de Energías Renovables (ITER) del Cabildo de Tenerife, ha desarrollado el proyecto para estudiar la incidencia de las mutaciones del virus en las Islas. 

La Consejería de Sanidad anunció este martes que 49 de las 100 muestras de exudado nasofaríngeo analizadas por este equipo en la fase inicial del trabajo (entre el 18 de diciembre y el 18 de enero) se han identificado con la variante británica del virus, la B.1.1.7. La secuenciación genómica es la única manera de detectar una cepa que, según el director del Centro de Coordinación de Alertas y Emergencias Sanitarias del Ministerio de Sanidad, Fernando Simón, será la predominante en España a partir de marzo. 

Óscar Díez señala que ese centenar de muestras eran “sospechosas de poder ser variantes” de la cepa original, lo que explica el alto porcentaje de identificación con la británica. Esa sospecha parte de la ausencia en los resultados positivos de las pruebas PCR de diagnóstico de uno de los tres genes que suelen detectar los kits comerciales para confirmar la infección: la denominada proteína espiga (o spike), que es la que permite al virus adherirse a las células humanas para multiplicarse. El microbiólogo sostiene que, aparte de la “desaparición” de ese gen en los test, que en algunos casos se puede producir “por causas naturales”, otra señal que puede indicar que el paciente ha sido contagiado por la variante británica es la alta carga viral.  

“Analizamos las muestras para saber si esa y las otras cepas (brasileña, sudafricana o californiana) estaban aquí. Ya sabemos que la británica está (del resto no se ha detectado ninguna en las Islas por ahora). A partir de ahora, vamos a buscar en cada isla, en cada zona, con rasgos epidemiológicos determinados, la mejor muestra representativa para saber no solo cómo circula esta variante, sino cómo circulan otras variantes si aparecen”, apunta Díez. A diferencia del trabajo realizado hasta ahora, el análisis no se limitará a los casos sospechosos. Será aleatorio, a partir de PCR que hayan detectado el gen espiga y de otros que no lo hayan hecho. El objetivo, señala, es conocer el grado de penetración de la cepa en el Archipiélago, su prevalencia en cada una de las islas. “Eso lo veremos en las próximas semanas”.

“De momento hay un índice de positividad que no es real, todavía no sabemos cómo está en Canarias”, precisa el microbiólogo, que admite que “es probable” que el explosivo incremento de casos registrado en la primera quincena de enero en la isla de Lanzarote, en alerta 4 por riesgo extremo desde el pasado 21 de enero, esté influenciado por la cepa británica, “que es muy contagiosa”, aunque esta hipótesis solo se podrá confirmar cuando se realicen estudios al respecto. “Los casos que hemos estudiado (cuatro positivos en esa isla) fueron los que nos enviaron ya seleccionados” bajo los criterios establecidos en esa fase inicial. 

Para Díez, en el momento actual no es significativa la comparación con otras comunidades autónomas, puesto que el índice de positividad depende de la capacidad que cada una de ellas tenga para secuenciar muestras. “Algunas no tienen posibilidades ni medios para hacer 800 de golpe, porque si lo hicieran, seguro que les saldría más casos. Hay sitios en la Península que tienen limitaciones evidentes”, afirma el experto. La incidencia del linaje británico en España ronda por ahora el 5%, según los datos ofrecidos por el Ministerio de Sanidad, un porcentaje que entiende infraestimado precisamente por esas dificultades para secuenciar los genes. 

El jefe de servicio de Microbiología de La Candelaria recuerda que la variante británica lleva circulando desde septiembre y que ya en noviembre las autoridades sanitarias advirtieron que sería la predominante. “Sigue siendo una variante en estudio o bajo control. Habrá que hacer más estudios para ver si es más agresiva, porque más contagiosa parece claro que sí lo es”. Para Díez, de momento no se puede saber con certeza si también es más letal. Sostiene que los datos que apuntan en esa dirección “tienen un sesgo”, porque se registraron en un escenario de “sobresaturación” del sistema nacional de salud inglés. “Lo hemos visto aquí en España. Cuando el sistema se satura, se ha muerto más gente. Y a más volumen de personas infectadas también se contabilizan más fallecidos”, señala. El experto puntualiza, además, que en determinados lugares donde esta cepa es prevalente, como Dinamarca o un cierto sector de Londres, se ha demostrado que “no tiene más contagiosidad ni más mortalidad”. “Si las ideas de seguridad están claras, las que ya conocemos de mascarillas, distanciamiento social, higiene frecuente y ventilación, si están bien instaladas y con mucho rigor, se puede controlar la cepa”. 

El proceso 

El equipo de La Candelaria y el ITER, formado por seis personas, ha estandarizado en este periodo el proceso de trabajo para coger ritmo y llegar a esas 800 o 900 muestras semanales que podrá empezar a secuenciar en breve. “Pocas comunidades tienen esta tecnología y lo pueden hacer a este volumen”, sostiene Díez, “nosotros vamos a tener que la realidad en las Islas es la que mandemos cada semana”, lo que permitirá vigilar su evolución. 

El microbiólogo explica que la secuenciación es un proceso para descifrar el código genético de cualquier ser vivo. En este caso, del coronavirus. “El código genético, la seña de identidad, está metido en los ácidos nucleicos (ARN). Y esos ácidos se componen de nucleótidos, que es la parte más pequeña. El orden que tengan esos nucleótidos, que en el caso del coronavirus son casi 30.000, es lo que permite saber si hay variaciones sobre la cepa original, si hay mutaciones”, si el virus ha cambiado su estructura para hacerse más fuerte, para adaptarse al medio. Para analizarlo, primero hay que extraer ese ARN de los exudados nasofaríngeos, “purificarlos, quitarles cualquier suciedad” para después “fracturarlo en pequeñas partículas” que son las que se introducen en un secuenciador. Un programa informático compara “millones de secuencias” para comprobar si hay variantes sobre la cepa original. “Es como un rompecabezas”. 

Esos datos se introducen después en un “banco online” para comparar datos en todo el mundo y avanzar en el estudio de las mutaciones que se detecten del virus. “Tenemos que ver si influyen en la biología del coronavirus, si son más contagiosas, más letales o si se escapan de la vacuna. Pero para eso hacen falta más estudios”, asevera el experto. El proyecto que lidera, aprobado el año pasado con fondos del Ministerio de Sanidad, del Cabildo de Tenerife y con recursos propios del Servicio Canario de Salud (SCS), es más ambicioso y aspira a implantar un sistema estandarizado con un secuenciador de tercera generación (el utilizado hasta la fecha es de segunda) que permitirá realizar una ingente capacidad de pruebas en corto espacio de tiempo. La idea original era “secuenciar y diagnosticar a la vez en ocho horas”, concluye.