Habitualmente consiste en la administración de quimioterapia, asociada o no a radioterapia, a altas dosis (trasplante convencional o mieloablativo). En los últimos años, se ha introducido un nuevo tipo de trasplante en el que este acondicionamiento es de menor intensidad (trasplante no mieloablativo, también denominado trasplante de intensidad reducida, minitrasplante o microtrasplante).
Además, según la fuente de las células madre, el trasplante puede ser de médula ósea, de sangre periférica o de cordón umbilical.
Cuando se empezaron a realizar trasplantes las células madre se obtenían directamente de la médula ósea. Posteriormente, se ha sabido que éstas pueden movilizarse en grandes cantidades desde la médula hacia la sangre de donde se recolectan con facilidad.
Se sabe también que la sangre de cordón umbilical es muy rica en células madre y también se está utilizando para trasplante. Así, podemos diferenciar entre trasplante de médula ósea, trasplante de sangre periférica y trasplante de cordón umbilical, respectivamente.
Según el tipo de donante, hay trasplantes alogénicos y autogénicos. En el primero las células madre proceden de otro individuo (donante compatible). Este tratamiento ofrece muchas posibilidades de curación para diversas enfermedades de la sangre. Sin embargo, es también un procedimiento complejo que se asocia con frecuencia a complicaciones que pueden comprometer la vida del paciente. Ello hace que este tipo de trasplante esté restringido únicamente a los pacientes que disponen de un donante compatible y a los pacientes jóvenes ya que a partir de cierta edad, los riesgos son demasiado elevados.
Habitualmente el donante es un familiar del paciente (casi siempre un hermano); cuando no existe parentesco entre donante y receptor se dice que es un trasplante de donante no emparentado. Las principales indicaciones de este tipo de trasplante son la leucemia mieloide crónica, las leucemias agudas, los síndromes mielodisplásicos y la anemia aplásica.
En el trasplante autogénico, las células madre proceden del propio paciente. Estas se obtienen cuando el paciente ha respondido al tratamiento de su enfermedad y previamente al tratamiento de acondicionamiento del trasplante (ver más adelante). Este es un procedimiento más sencillo que el trasplante alogénico y con menos complicaciones; si bien, en determinadas enfermedades, la probabilidad de curación es inferior.
Por otra parte, es el único tipo de trasplante disponible para aquellos pacientes que carecen de un donante compatible. Las indicaciones habituales del trasplante autogénico son los linfomas, la enfermedad de Hodgkin, el mieloma y ciertos tumores sólidos.