Karlos Cristóbal fue detenido en 1996 en Galicia, junto a otros dos miembros de la organización terrorista. En el momento de su arresto, los tres, antiguos integrantes del 'comando Vizcaya', tenían en su poder abundante documentación con cientos de nombres de posibles objetivos, entre ellos el Manuel Fraga.
A Karlos Cristóbal se le imputaba su participación en el atentado contra la sede de Telefónica en Bilbao y contra un coche de la policía en la localidad vizcaína de Basauri.
Finalmente, la Audiencia Nacional condenó a 45 años de prisión a cada uno de los tres componentes del denominado 'comando Galicia', por los delitos de integración en banda armada, depósito de armas y explosivos con finalidad terrorista, falsificación y conspiración para el asesinato.