Sale en procesión desde 1944 como parte de la Hermandad del Santo Entierro, pero ya como Cofradía del Santo Cristo de las Ánimas se fundó en 1970 y es en Viernes Santo cuando recorre las calles de Logroño.
Después del Vía Crucis del Viernes Santo, la cofradía protagoniza el traslado del Santo Cristo de las Ánimas desde la Iglesia de Palacio hasta la Concatedral de la Redonda, donde la imagen queda expuesta para participar en la Procesión del Santo Entierro posteriormente.
La imagen de esta cofradía, que se atribuye al escultor Arnao de Bruselas, es considerada, como explica su Hermano Mayor, José Luis Mangado, “la perla de la procesión” por su gran valor artístico. Es una talla del siglo XVI que permanecía en el retablo de la Iglesia de Palacio, pero en 1942 se bajó para ser limpiada y “ya no volvió”, dada su calidad.