Una mañana en el laboratorio que detecta las nuevas cepas de gripe o COVID
El 12 de Octubre es uno de los grandes complejos hospitalarios de Madrid. En la cuarta planta de uno de sus edificios hay una nevera en la que se almacenan unos tubos de tapón rojo. En su interior se guardan las muestras de virus respiratorios que han enviado los médicos centinelas de los centros de salud de la zona sur de la Comunidad. Este hospital es uno de los que conforman la gran red de vigilancia de infecciones respiratorias y ese refrigerador, la primera parada que harán las tomas por todo el centro. El resultado es el dibujo de lo que está ocurriendo con la gripe, la COVID-19 o el virus sincitial (VRS) que tensionan el sistema sanitario de todo el país cada invierno.
El Instituto de Salud Carlos III y la Red Nacional de Vigilancia Epidemiológica reciben los datos de un grupo de hospitales y centros de salud, repartidos por todo el territorio, con el que conforman el Sistema de Vigilancia de Infección Respiratoria Aguda (SiVIRA). Las comunidades autónomas tienen sus propias redes. La de Madrid está operativa desde 1991 y ha vigilado diferentes procesos, en función de las necesidades en cada época. Por ejemplo, hasta 1994 se encargó de la tos ferina, la rubéola y la parotiditis; hasta el 95, de la hepatitis A; y hasta el 97, del sarampión.
Respecto a los virus respiratorios, “hasta 2021 solo se identificaba la influenza, pero el año pasado, coincidiendo con lo que se llamó la 'gripalización' de la COVID, se amplió a SARS-CoV-2 y VRS”, explica la jefa del servicio de microbiología del 12 de Octubre, Lola Folgueria.
“Cuando llegas al centro de salud con síntomas, si tu médico es centinela te preguntará si te importa que te tome una muestra para hacer detección molecular”, explica la doctora. Como esa muestra llegan al día cerca de un centenar de SARS-CoV-2 y unas 130 de otros virus respiratorios, que serán analizadas en las siguientes horas. “Somos los primeros en enterarnos si hay picos de gripe o de VRS”, señala Folgueira.
En las últimas semanas, la red ha detectado la circulación de gripe, VRS y SaRS-CoV-2. Los primeros han presentado una incidencia algo inusual, tras dos años de pandemia con apenas circulación, que ha alterado su aparición esta temporada. “El VRS y la influenza conviven siempre, aunque ahora han aparecido con más intensidad y se han adelantado. Y el problema con COVID-19 es que pensar que iba a desaparecer era poco realista”, aclara la experta.
El servicio de microbiología trabaja con las muestras del propio hospital, que reportan los virus respiratorios graves, y con lo que reciben de los centros de salud, con sintomatología más leve. “Nosotros dependemos de Atención Primaria y nos afectan sus problemas”, reconoce Folgueira. Porque si los médicos de familia y pediatras no reportan estos casos, la red de vigilancia se cae, como tantas otras patas del sistema.
La doctora, que lleva al frente del servicio desde 2021 y trabajando en él desde hace 28 años, explica con paciencia cada paso del proceso desde que las muestras llegan a su jurisdicción hasta que su equipo determina si el paciente se ha infectado de algún virus respiratorio, si aún puede transmitir el virus o, incluso, secuencian el SARS-Cov-2, un proceso que permite identificar las mutaciones.
El equipo realiza detección molecular. “Requiere que pasemos el material de ese tubo a otro tubo de lisis, con detergente, que desactiva el virus”, indica Folgueira. Con este proceso, los técnicos del laboratorio fracturan el virus, de forma que deja de ser infectivo, pero no varía molecularmente. “No afecta al proceso de detección y trabajas con más seguridad”, explica.
De la cuarta planta se baja a la segunda. Al fondo de una gran sala con aparatajes complejos hay dos equipos de detección molecular automática. “A nivel clínico, es la más alta tecnología”, señala Elena Espartosa, que es técnica de laboratorio. Ella es una de las responsables de cargar las muestras en las gradillas de la máquina, junto a los positivos y los negativos, que permitirán al aparato determinar si alguna de esas moléculas está infectada.
El 12 de Octubre tiene dos equipos de detección molecular automática, de la más alta tecnología, que son capaces de arrojar un resultado en dos horas y media y permiten analizar unas 1.200 muestras al día.
Olmo Calvo
El 12 de Octubre tiene dos equipos de detección molecular automática, de la más alta tecnología, que son capaces de arrojar un resultado en dos horas y media y permiten analizar unas 1.200 muestras al día. Olmo Calvo
El resultado aparece en una pantalla junto a la máquina, que es capaz de procesar entre 1.000 y 1.200 muestras al día, y se carga de forma automática al sistema informático del laboratorio, que está vinculado a la historia clínica del paciente. Además de estas dos, el equipo cuenta con otra, que trabaja en tandas y cuyo proceso se alarga algo más. Sin embargo, en lo peor de la pandemia han sido capaces de leer más de 3.000 muestras diarias.
En los hospitales públicos, este equipamiento sale a concurso y las empresas adjudicatarias lo 'ceden' a cambio de incrementar el precio de los reactivos, que es lo que compra la administración. “No adquirir el equipo te permite cambiarlo en el siguiente concurso”, indica Folgueira, empeñada en reducir el tiempo de respuesta y la capacidad de carga. Depender de proveedores también tiene una parte negativa. “A veces los parámetros de detección están pensados para el mercado americano. Por ejemplo, para ver el subtipo de influenza A tenemos que meterlo en otros equipos”, señala.
¿Qué ocurre con los positivos? Si es VRS, se reporta; si es influenza, se miran los subtipos; y si es SaRS-CoV-2 se hace la secuenciación. Este proceso es importante para determinar las variantes del virus y descubrir, si las hubiera, nuevas alteraciones. En los últimos días, las expertas del 12 de Octubre están pendientes de Kraken, el subtipo de ómicron que ha resucitado el alarmismo por la COVID-19. “Estamos todos muy atentos, porque aparecerá. Lo que tenemos que tener en la cabeza es que todas las variantes son potencialmente muy peligrosas, pero nuestra situación es buena por la tasa de vacunación y la infección previa”, explica Folgueira.
Esta doctora puso en marcha la sección de secuenciación masiva. “Antes de la COVID había mucho personal en proyectos de investigación, pero el reto fue que se convirtiese en asistencial”, señala. La coordinadora del área es Esther Viedma, que ya tiene experiencia en dar la voz de alarma ante la aparición en España de nuevas variantes.
Viedma estaba en el equipo que detectó el primer caso de Alfa, en la Nochebuena de 2020. “Ahora es más complejo, porque la clasificación es mucho más extensa”, indica frente a la pantalla de un ordenador plagado de códigos compuestos por números y letras, indescifrable para el ojo común pero que ella lee con soltura. “Uno se hace a ello”, dice con modestia. Cada bloque de caracteres es el resultado de una mutación, que ha descifrado un pequeño aparato algo mayor que una caja de zapatos. “Cuando teníamos el de Wuhan solo había uno, ahora hay 27”, indica.
En el laboratorio cuentan con otra máquina, mucho más pequeña, que trabaja con Linux y que requiere un mayor conocimiento a nivel informático. “Es más rápido y recrea en tiempo real cómo está yendo la carrera de secuenciación si tienes alguna sospecha. Tienes el resultado en un día, incluso en horas”, indican las expertas.
Folgueira defiende la profesionalización de su equipo: “La dificultad es contar con personal entrenado para la interpretación de resultados. Necesitas a alguien con conocimientos de bioinformática, acostumbrado a las secuencias. Esto no es una serie americana, donde aparece un señor con tubito y ya sabe quién es el asesino”.
Los equipos de secuenciación permiten leer el genoma de un virus para detectar sus alteraciones e identificar nuevas variantes. En las imágenes uno de los aparatos que muestra la carrera en tiempo real y ofrece un resultado en unas horas. Olmo Calvo
Los equipos de secuenciación permiten leer el genoma de un virus para detectar sus alteraciones e identificar nuevas variantes. En las imágenes uno de los aparatos que muestra la carrera en tiempo real y ofrece un resultado en unas horas. Olmo Calvo
Estos software de análisis permiten clasificar la cepa y la calidad de la secuenciación y comparar el resultado con la base de datos GISAID. No todos los positivos pasan por este proceso. “No merece la pena secuenciar cuando la carga viral es baja”, explica Folgueira. La clave está en que la detección molecular da positivo durante mucho tiempo, lo que no quiere decir que el paciente sea infectivo.
De hecho, un paciente puede dar positivo por un virus que ha tenido hace tiempo. “La única manera de medir infectividad es hacer un modelo in vitro”, explica la doctora. Para hacerlo, utilizan cultivos con células permeables al virus, que miran al microscopio para comprobar si este continúa infectando. Este proceso se realiza en casos concretos, donde sea necesario conocer esta información, como en el caso de los pacientes inmunodeprimidos.
Un paciente puede dar positivo, aunque ya no transmita el virus. Por ello, los técnicos analizan la infectividad de una molécula en un modelo in vitro con cultivos con células permeables a él. Olmo Calvo
Un paciente puede dar positivo, aunque ya no transmita el virus. Por ello, los técnicos analizan la infectividad de una molécula en un modelo in vitro con cultivos con células permeables a él. Olmo Calvo
“Los que trabajamos sin pacientes somos menos visibles. En nuestro caso, ha habido mejoras de funcionamiento, pero hemos ido asumiendo cada vez más trabajo sin un aumento equivalente de personal”, reclama Folgueira. En la sección cuentan con una plantilla estructural de nueve microbiólogos y unos 48 técnicos, dedicados a todas las tareas de esta competencia, pero solo unas 10 personas entrenadas en el área de respiratorio, que se encargan de este trabajo de análisis y del propio del hospital.
Su trabajo, indica Folgueira, es básico: “Si no hicieras esto te quedarías en un escalón diagnóstico en el que no monitorizas la evolución de cada virus”. Y si algo han demostrado los últimos años, es que en el caso de los virus, la información es fundamental.
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