Thomas (Dylan O'Brien) ha vuelto con más fuerzas que nunca. Su objetivo es encontrar de una vez por todas la cura para la Llamarada, la enfermedad que ha asolado el mundo. Además, él y sus compañeros tendrán que resolver todas las preguntas que les persiguen desde que un día aparecieran en el Claro del Laberinto. Para ello, tendrán que volver al punto de partida donde empezaron, pero el camino no será nada fácil. ¿Conseguirán dar respuesta a todos los interrogantes sobre el laberinto y los que lo crearon?