El confinament va eliminar les variants de coronavirus circulants durant la primera onada a Espanya

Un any i mig després de la irrupció de la pandèmia de COVID-19, es publica l’estudi científic més complet sobre les variants del coronavirus que van circular per Espanya durant la primera onada. L’estudi, publicat per Nature Genetics, identifica nou variants del virus que van dominar la pandèmia entre els mesos de març i juny del 2020. Entre aquestes, les dues més comunes procedien d’un llinatge del SARS-CoV-2, abundant en països asiàtics en aquell moment, encara que el virus es va introduir principalment per contactes procedents de països europeus amb més de 500 introduccions, segons l’estudi. 

El treball conclou que el confinament imposat va servir per a reduir dràsticament la transmissió d’aquestes variants, fins i tot de les més contagioses, que van ser substituïdes per unes altres a partir de l’estiu del 2020 quan es van relaxar les mesures de control.

L’estudi va utilitzar 2.500 mostres de pacients diagnosticats a Espanya durant la primera onada de la pandèmia, recollides per 40 hospitals i seqüenciades pel consorci SeqCOVID, un equip d’investigació integrat per més de 50 institucions espanyoles i centenars d’investigadors que lideren l’Institut de Biomedicina de València (IBV), del Consell Superior d’Investigacions Científiques (CSIC), juntament amb la Universitat de València i la Fundació per al Foment de la Investigació Sanitària i Biomèdica de la Comunitat Valenciana (Fisabio). Les mostres analitzades suposen un 1% de tots els casos diagnosticats en la primera onada (el 14% abans del confinament).

L’equip d’investigació va identificar nou variants del virus (denominades SEC, de l’anglés spanish epidemic clades), que van ser les que van dominar aquesta primera onada a Espanya. Dues d’aquestes (SEC7 i SEC8) van ser les primeres detectades al país i les predominants durant aquest període, i s’associen almenys a dos esdeveniments de superdispersió coneguts: el partit Atalanta-València de la Champions League i un funeral de Vitòria, encara que s’identifiquen focus primerencs en altres indrets del país. 

No va hi hagué una única introducció del virus a Espanya, sinó múltiples entrades independents (almenys 500), des de diferents orígens internacionals. Aquestes es van donar principalment durant febrer i març del 2020, abans de la implementació de les mesures de control. 

Els esdeveniments de superdispersió i la mobilitat, claus en les diferents onades

“La majoria de les infeccions de la primera onada abans del confinament a Espanya van ser provocades per soques del llinatge A del coronavirus. Eren abundants als països asiàtics en aquell moment, però tenien menys presència en la resta dels països europeus, on dominaven soques de llinatge B. Això no vol dir que les introduccions de SARS-CoV-2 al nostre país foren majoritàriament asiàtiques. En realitat, veiem que la majoria de les introduccions provenen de països europeus, però les soques de llinatge A s’hi van establir abans i, gràcies a esdeveniments de superdispersió, es van expandir al nostre país ràpidament”, explica Álvaro Chiner, un dels investigadors del CSIC en l’IBV de València que va participar en l’estudi. 

Els investigadors van observar un patró similar per a la variant que va dominar en la segona onada (denominada 20E(EU1)), que acaben de publicar en Nature. Aquesta variant es va expandir ràpidament a Espanya ajudada per esdeveniments de superdispersió i va acabar dominant la segona onada a Espanya i gran part d’Europa, associada a la mobilitat de l’estiu. “Aquesta és una lliçó que no hem aprés de l’estiu passat”, afirma Fernando González Candelas, catedràtic de la UV, investigador en Fisabio i un dels coordinadors de SeqCOVID.

Confinament eficaç

A més, el treball de la primera onada publicat en Nature Genetics quantifica l’efectivitat de les mesures implementades per al control del virus durant la primera onada. Totes les variants identificades van reduir la seua prevalença i transmissió significativament a partir de l’estat d’alarma. Pràcticament van desaparéixer al final de la primera onada, i van ser reemplaçades per variants noves que van sorgir a l’estiu, quan es van relaxar les mesures de confinament.

“El confinament va ser altament efectiu per a parar la transmissió del virus. No sols per a les variants dominants SEC7 i SEC8, sinó per a totes les que circulaven en aquell moment, incloent-hi les que contenien la mutació del gen S anomenada D614G, que va ser la primera que va demostrar incrementar la transmissibilitat del virus”, remarca Mariana López, investigadora del CSIC en l’IBV i coautora de l’estudi.

“Una cosa similar estem veient a través de les onades. Estem detectant variants més transmissibles, però el seu impacte es pot controlar amb les mesures de control adequades. Allà on aquestes mesures no han existit o són més relaxades, les variants han agreujat els rebrots. Va ocórrer al Regne Unit amb la variant Alpha i està ocorrent a Espanya amb Delta”, indica Iñaki Comas, investigador del CSIC en l’IBV coordinador de SeqCOVID.

Vigilància genòmica durant les onades següents

Segons l’equip d’investigació del consorci SeqCOVID, els resultats d’aquest treball, així com els de la segona onada publicat fa poc en Nature, demostren la necessitat d’incorporar l’epidemiologia genòmica com una eina més de salut pública per a rastrejar el virus i identificar les variants de més impacte. 

“La vigilància activa de mutacions virals ha de continuar per poder avaluar l’amenaça de variants noves amb riscos potencials per a controlar l’epidèmia. Aquest és un dels objectius que ens hem posat dins de la Plataforma Temàtica Interdisciplinària de Salut Global del CSIC”, comenta Mireia Coscollá, investigadora de la Universitat de València en l’Institut de Biologia Integrativa de Sistemes (I2SysBio, CSIC-UV) i una de les coordinadores de l’estudi.

El treball de SeqCOVID ha contribuït a la creació d’una Xarxa de Vigilància Genòmica Nacional dirigida pel Centre de Coordinació d’Alertes i Emergències Sanitàries (CCAES) i coordinada per l’Institut de Salut Carles III (ISCIII). Aquesta xarxa està totalment integrada dins de les tasques assistencials dels hospitals.